Durante varios años el doctor Ayuso fue codirector del proyecto Biblia Polyglotta Matritensia del Centro Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) en Madrid junto con José María Bover Oliver y Francisco Cantera Burgos. Tras la muerte de Bover el 22 de octubre del 1954, recayó sobre Ayuso la responsabilidad de coordinar y dirigir a todo el equipo que trabajaba en este proyecto, cosa que realizó hasta su fallecimiento el 18 de septiembre del 1962.
La Biblia Polyglotta Matritensia fue un proyecto colectivo iniciado el año 1947 con el objetivo de publicar una edición crítica de la Biblia que constaría de siete idiomas, cada uno a cargo de un eminente profesor y su correspondiente equipo. Al doctor Ayuso se le asignó la edición de la Vetus Latina y la Vulgata. El primer tomo de las dos series a él encomendadas, que salió publicado en 1957, fue el Psalterium Visigothicum-Mozarabicum que constituía el tomo 21 de la serie VII. Se trataba de la edición crítica del Salterio Mozárabe y se publicaba por primera vez. Este texto es la expresión más característica del antiguo texto latino español anterior a la Vulgata de Jerónimo. El segundo en aparecer, el tomo 21 de la serie VIII, fue publicado en 1960 con el título Psalterium Sancti Hieronymi de Hebraica Veritate Interpretatum. Lamentablemente, el ambicioso proyecto de la Biblia Polyglotta Matritensia quedó inconcluso.
A pesar de que, tristemente, el doctor Ayuso falleció relativamente joven, con 56 años, dejó una erudita serie de obras sobre el texto latino de la Biblia. Hay una que es especialmente interesante para mí con el título: "Nuevo estudio sobre el «Comma Ioaneum». Acompañado de la edición crítica del Cap. V de la primera epístola de San Juan". Este trabajo lo publicó en Madrid entre 1947 y 1948 en tres separatas de la revista Bíblica. Yo dispongo de esta obra en mi biblioteca.
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Existen otras interesantes y eruditas obras de este autor sobre el texto en latín de la Biblia y otros temas bíblicos. Colocaré abajo algunas de ellas:
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Podemos comprobar que el doctor Ayuso era un verdadero especialista en el texto latino de la Biblia, por eso su estudio del origen del "Comma Ioaneum" o "Coma joánica" es tan interesante y útil. Espero tener tiempo para publicar una entrada sobre este estudio.